無語的矛盾造成的建設用地規劃許可證發證困難

有一家企業甲,在土地交易市場拍得一塊工業用地,繳納土地出讓金并簽訂了土地使用權出讓合同,過了一個月,這個公司股權發生變更,并更名為公司乙。過了一段時間,這個企業打算來報建,當然第一個事情就是來辦理建設用地規劃許可證了,以甲公司名義來申請的,同時提供了工商管理提供的相關文件。
規劃局審核人員,認為實際上這個甲公司已經不存在,這個申請應當由乙公司來做出,但是,我們可以發現這個申請材料中,無論是項目的立項文件也好,還是土地使用權出讓合同,主體都是甲公司,當然立項可以重新做一個,但是這個土地出讓合同可以變更么?通過咨詢國土部門,他們那邊變更有困難,以為涉及到股份變更,他們認為這個過程應該是一個轉讓過程,但是因為這個土地上還沒用建設,更談不上投資達到總投資的25%的最低轉讓標準,所以又不能進行轉讓,暈倒了。
經過反復討論,作為規劃局,能否發一個函給稅務部門,告知相應情況,咨詢是否要交稅,如果稅費繳納后,是否可以給乙單位辦理建設用地規劃許可證?
大家看看這個問題到底如何解決?