這個建設工程規劃許可證怎么辦？
某地有一個企業在2010年對自用用地內3棟廠房進行了報建，辦理了建設工程規劃許可證，然后企業主應為不熟悉相關法律法規，就開始了建設，并于2010年底前完工，在企業準備辦理房產證的時候，他們驚聞居然他們沒有辦理施工圖審查、建筑工程施工許可證，并不能辦到房產證。于是在半業內人士的指點下，先是對建設工程規劃許可證進行了延期，導致現在建設工程規劃許可證還是有效的。他們也同時進行了施工圖審查，但是在準備辦理施工許可證時，被多個單位證實3棟廠房已經建成，沒有辦理質量監督等手續，因此不能辦理建筑工程施工許可證。
然后多方協調，要求規劃局對這3棟廠房以已建建筑補辦建設工程規劃許可證的形式來辦理，然后才能進行竣工備案等等手續。
我看到這個案例，我有點暈乎，為什么要補辦，不是已經辦理了，而且還在有效期內??？而且辦理建設工程規劃許可證的原意是什么，現在這3棟廠房是按照建設工程規劃許可證的內容來建設的，只是沒有辦理審圖和施工許可證??？
規劃許可總是被拖下水……
這個案例到底怎么解??？？？？？？？？？？