案例：

2019年5月，A公司通過競拍取得一宗商業用地，同年12月向當地規劃部門提交了規劃設計方案文本，2020年1月，規劃部門基本完成了技術審查，并于2月通過了當地規委會匯報，但并未正式批準，同時A公司通過調研，考慮到業態調整，又編制了一份新的規劃設計方案，并于2月底提交規劃部門。

規劃部門收到新方案文本，認為原來的方案已經通過規委會，而新方案對老方案有顛覆性調整，以書面通知的形式回復A公司，新方案不予以通過，要求不得對老方案有原則性調整。

經過多輪協商，雙方一致達不成一致意見。

A公司向當地政府幾次信訪未果，最后決定起訴當地規劃部門。

大家如何看待這個問題？有什么好的建議？